光和元年,灵帝设置鸿都门学,在其中画有孔子及其七十二弟子像。
下诏州郡三公推举征召诸生。有的出任刺史、太守,有的入朝任尚书、侍中,有的竟封侯赐爵,士人们都认为与他们在一起是可耻的。
当时,妖异的现象常有生,人人惊恐。
七月,灵帝下诏召蔡邕与光禄大夫杨赐、谏议大夫马日磾、议郎张华、太史令单飏至金商门,入崇德殿,让中常侍曹节、王甫问他们关于灾异及消除变故所应当采取的办法,蔡邕用心答复。
灵帝又特诏询问蔡邕:“近来灾异变故的生,不知是什么罪咎引起的。
朝廷焦急,朕心里也害怕。
访问群公卿士,想听到一些忠言,他们都守口如瓶,不肯尽心。
因为你经学功底深厚,所以朕特地问你,你应该阐明得失,指出为政的要点,不要唯唯否否,或者怀疑恐惧。
全按经述对答,为了保密,要用皂囊封上。
蔡邕于是上奏认为妇人、宦官干预政事,是怪异生的原因之一,并弹劾太尉张颢、光禄勋玮璋、长水校尉赵玹、屯骑校尉盖升等人贪赃枉法,又举荐廷尉郭禧、光禄大夫桥玄、前任太尉刘宠,认为可以向他们咨议朝政。
灵帝在看了奏章后很是叹息,在起身如厕时,奏章被曹节在后偷看,就向左右的人泄露了全部内容,致使事情泄漏。
蔡邕奏章上认为应该废黜的人,都非常恨他,企图打击报复。
之前,蔡邕与司徒刘郃不和,蔡邕的叔父卫尉蔡质,又与将作大匠阳球关系不好,阳球是中常侍程璜的女婿。
程璜让人写匿名诬告蔡邕、蔡质几次因私事请托于刘郃,刘郃没有答应,蔡邕于是怀恨在心。
决心要陷害蔡邕,灵帝因此下诏给尚书,召蔡邕质问。
蔡邕上疏为自己辩白,但他与蔡质还是被送入洛阳狱,有关部门认为应该将二人弃市。
中常侍吕强怜悯蔡邕无辜,于是替他向灵帝求情,灵帝也想起了蔡邕之前奏章的话,于是下诏将他免死,与家属被流放至朔方郡,不得因赦令而免罪。
阳球打刺客刺杀蔡邕,刺客被蔡邕的正义感动,不为阳球所用。
阳球又贿赂有关官员毒害蔡邕,受赂的人反而把消息告诉了蔡邕,要他提高警惕。
蔡邕因此平安无事,居住在五原安阳县。
蔡邕之前在东观时,与卢植、韩说等修撰《东观汉记》,正遭流放,所以没有来得及写成。
灵帝爱怜蔡邕的才高,正好在第二年大赦,于是赦免蔡邕,准许他返回原籍,蔡邕自从放逐到被赦免,历时九个月。
蔡邕正准备启程回郡的时候,五原太守王智为他送行。
酒喝足后,王智起舞劝蔡邕,蔡邕不理他。
王智是中常侍王甫的弟弟,本来很骄贵,丢了面子为宾客所嘲笑,就破口骂蔡邕说:“罪犯也敢轻侮我!“
蔡邕振衣而去。王智非常恨他,于是密告蔡邕心放怀怨,诽谤朝廷。灵帝宠幸的人也都诬陷他,蔡邕害怕无法幸免,于是逃命江海,远走吴会之地,往来依靠泰山羊氏,在吴地共待了十二年。
中平六年,灵帝去世,董卓任司空,专擅朝政,听说蔡邕的名气,于是征召他,蔡邕推说有病不能去。
董卓大怒,骂道:“我有灭人三族的权力,蔡邕就算骄傲,也是不过转足之间的事而已。“
又急令州郡征召蔡邕到府。
蔡邕不得已只好应命,被任命为代理祭酒,很受董卓敬重。
又被举为高第,历任侍御史、治书侍御史、尚书,三天之内,遍历三台。
又升任巴郡太守,被留任侍中。
初平元年,蔡邕被拜为左中郎将,随汉献帝迁都长安,被封为高阳乡侯。
董卓的宾客部属想让朝廷尊崇董卓与太公相比,称尚父。
董卓询问蔡邕的意见,蔡邕说:“太公辅周,奉命灭商,所以特号为太公。现在您的威德虽高,但相比尚父,我以为还不行。等到关东平定,陛下返还旧京,然后再讨论此事。“
董卓听了他的话。
初平二年六月,生地震,董卓为此询问蔡邕。
蔡邕对他说:地动,是阴盛侵阳,臣下不遵守国家制度引起的。
前春天郊祀,公奉车驾,乘金华青盖,爪画两箱,远近都认为不合适。
董卓于是改乘皂盖车。
董卓看重蔡邕的才学,对他非常客气,一遇举行宴会,往往令蔡邕鼓琴助兴,蔡邕也有心出力。
但董卓性格刚愎自用,蔡邕恨自己的话很少为董卓采纳,对堂弟蔡谷说:“董公性格刚烈而容易作恶,终究不能成事。我想东奔兖州,但是道路太远,不易达到,打算暂时逃到山东地区看看,怎么样?“
蔡谷说:“您的容貌与普通人不同,在路上走,看的人云集,这样,想躲起来,难啊!“
蔡邕才打消了这个主意。
初平三年,董卓被诛杀,蔡邕在司徒王允坐上,不知不觉说起董卓来,并为之叹息,脸色都变了。
王允勃然大怒,呵斥他说:董卓,是国家的大贼,差点倾覆了汉室。
你作为臣子,应该一同愤恨,但你却想着自己受到的礼遇,忘记了操守!
现在上天诛杀了有罪的人,你却反而为他感到伤痛,这难道不是和他一同作为逆贼吗?
并随之将蔡邕收押交给廷尉治罪。蔡邕递上辞表道歉,请求受到刻额染墨、截断双脚的刑罚,以求继续完成汉史。
士大夫大多同情并想要救他,没有成功。